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分析基因组数据时，经常需要预测基因的RNA选择性剪切方式，即内含子和外显子的位置和数量。预测是基于RNA剪接的保守性序列“GU－AG”规则，即内含子5’端序列一般是GU，而3’端一般是AG，当然它们附近的序列也是有一定规律的，但不是很保守。根据这一特点并结合ORF, Blast等数据就可以对未知基因的成熟mRNA序列进行预测。
下面推荐几个比较专业的RNA剪切预测网站：
Augustus （功能相当强大，预测比较准确，并没有物种特异性，强烈推荐）
https://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php
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2. SplicePort （功能也很全面，推荐）
https://spliceport.cbcb.umd.edu/
3. GeneSplicer （只针对以下几个物种：Plasmodium falciparum (malaria), Arabidopsis thaliana, human, Drosophila, and rice）
https://www.cbcb.umd.edu/software/GeneSplicer/gene_spl.shtml
4. NetGene2 （只针对：Human, C. elegans, A. thaliana）
https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetGene2-2.42/
5. MaxEntScan （只针对 Human）
http://hollywood.mit.edu/burgelab/maxent/Xmaxentscan_scoreseq.html
6. SPCards
http://www.genemed.tech/spcards/home
该研究全球发布了迄今最全面的人类剪切突变数据库及剪切变异分析平台。研究将18款剪接变异预测软件集成到SPCards数据库并评估不同软件的性能。结果发现剪切变异软件在识别剪切供体区域和剪切受体区域的剪接变异表现出不同的性能。在剪切供体区间Kipoisplice，dbscSNV ADA，Spliceogen和SPiCE 的预测性能最好，而在剪切受体区间dbscSNV ADA，SPiCE，dbscSNV RF和regsnp表现更好的预测性能，这提示在进行剪接变异预测时应根据不同的区域做一定的权重性选择。
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7. RNA splicer
https://rddc.tsinghua-gd.org/ai/rna-splicer
以上只针对某某物种的不代表其它物种不支持，只是结果可能不很准确，对于同一基因，可以参考结合以上不同的服务器给出的结果。
希望以上网站对需要的朋友有所帮助，如果有什么问题或者推荐其他工具，欢迎留言交流。
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